Ұйымдық және мамандандырылған аккредиттеу тәртібін агенттік еуропалық және халықаралық стандарттарға сәйкес әзірледі, ол келесі кезеңдерді қамтиды:
I кезең
- Білім беру ұйымының университет қызметінің қысқаша сипаттамасымен және білім беру бағдарламалары бойынша бас лицензия мен лицензиялардың көшірмелері бар аккредиттеу туралы өтінішті агенттікке беруі;
- KAZSEE мен білім беру ұйымы арасында аккредиттеу туралы келісімге қол қою. Шартта тараптардың құқықтары мен міндеттері, рәсімнің құны, аккредиттеу мерзімі, оның ішінде жүзеге асыру деңгейлері көрсетіледі;
- Үйлестіруші тағайындау, егер агенттік онымен таныс болмаса, университеттің өтініші бойынша университетке алдын ала бару. Университеттің жұмыс топтарына өзін-өзі бағалау есебін дайындау және аккредиттеу рәсімін жүргізу бойынша семинарлар өткізу;
- Білім беру мекемесінің өзін-өзі бағалау рәсімін жүргізу, KAZSEE стандарттары мен критерийлеріне сәйкес өзін-өзі бағалау есебін жасау;
- Өзін-өзі бағалау есебінің бірінші нұсқасын ұсыну және KAZSEE тиісті аккредиттеу комитеті анықтайтын тәуелсіз сарапшылардың сараптамасы. Емтихан нәтижелері ЖОО-ға жіберіледі, қажет болған жағдайда өзін-өзі бағалау есебін ЖОО қорытындылайды;
- Қорытынды өзін-өзі бағалау есебін және оның қосымшаларын агенттікке ұсыну.
II кезең
- KAZSEE құзыретті сарапшылар тобын құрады, оның құрамына Қазақстанның оқу орындарының өкілдері, жұмыс беруші, студент және халықаралық сарапшы кіреді. Топ өзін-өзі бағалау есебін тексеру кезінде қатар құрылады;
- Агенттік университетке сыртқы аудит тобының құрамы туралы хабарлайды. Егер университет аудиторлардың кез келгені арасында мүдделер қақтығысына күдіктенсе, университет жазбаша түсініктеме қоса отырып, сарапшыны ауыстыру үшін агенттікке жүгінуге құқылы;
- Үйлестіруші сыртқы аудитке дайындалу үшін сараптама тобының мүшелеріне бірнеше апта бұрын өзін-өзі бағалау материалдары мен әдістемелік қолдауды жібереді;
- Үйлестіруші сарапшыларды оқыту және аудиттің ұйымдастыру мәселелерін талқылау мақсатында сараптамалық топ үшін алдын ала вебинар өткізеді, ал университетке бару басталар алдында – брифинг өткізеді;
- Университеттің сыртқы аудиті институционалдық аккредиттеу үшін 3 күнге, мамандандырылған аккредиттеу үшін 2 күнге созылады. Өзін-өзі бағалау есебінде ұсынылған ақпараттың дұрыстығын және білім беру ұйымындағы істің нақты жағдайын бағалау үшін сыртқы аудит жүргізіледі;
- Сарапшылық топ үйлестірушіге жіберілетін сыртқы бағалау бойынша есепті қалыптастырады (ескертпелерді, жақсарту бойынша ұсыныстарды және т.б. көрсете отырып);
- KAZSEE үйлестірушісі университет қызметін бағалау үшін сараптамалық топтың алынған есебін, егер бар болса, қателерді жою үшін білім беру ұйымына жібереді.
III кезең
- Өзін-өзі бағалау есебі мен сыртқы аудит есебінің негізінде агенттік үйлестіруші аккредиттеу жөніндегі комитетпен келісілген қорытындыны және аккредиттеу кеңесіне ұсынуды дайындайды;
- KAZSEE аккредиттеу кеңесінің отырысын өткізу және институционалдық/мамандандырылған бағдарламаны аккредиттеу туралы шешім қабылдау. Аккредиттеу кеңесі өзін-өзі бағалау туралы есеп пен сыртқы аудиторлық есеп, ұсыну және қорытынды негізінде шешімдерді дербес қабылдайды;
- Аккредиттеу туралы қабылданған шешім туралы университетті және сыртқы аудитті жүргізген сараптамалық топ мүшелерін хабардар ету;
- Сыртқы аудит есебін, KAZSEE және ENAEE агенттіктерінің веб-сайтында ұсыну және аккредиттеу нәтижелерін жариялау (EUR-ACE белгісін берген жағдайда);
- Аккредиттелген институционалдық/мамандандырылған бағдарламаны тиісті Ұлттық тізілімге енгізу үшін ақпаратты Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрлігіне жіберу.